人皇37代斎明天皇（655～661）の勅願により、奥州塩竃六所大明神を勧請され、神領をご寄進のうえ創立されたと伝えられている。その後、人皇50代桓武天皇（781～806）の御世「田村麿将軍」が東夷征伐のためご下向なさる折にご祈願、天皇に奏聞、勅許のうえ再建され「六所大明神」の勅額を下賜された。

時代は降り松平氏が三河入国以来、代々崇敬厚く天文11年（1542）12月26日岡崎城にて竹千代君（徳川家康公）ご誕生の折には産土神としてご拝礼になった。
慶長7年（1602）には家康公よりご朱印状を下され、石高62石7斗を贈られ、同9年（1604）社殿ご造営のうえご神器の品々をくだされた。
のちに3代徳川家光公も寛永11年（1634）ご上洛の折に岡崎城にて遥拝され、御名代松平伊豆守を社参され100石を加増された。その朱印状には「六所大明神は東照大権現降誕の地にある霊神なり、是を以て崇敬他と異なり。」とある。
さらには家光公は同11年から13年（1634～36）にかけて、御普請奉行本多伊勢守と神主大竹大膳久次により社殿および神供所をご造営された。
この時に本殿、幣殿、拝殿を連結し華麗な彩色を施した権現造の社殿が完成。やや遅れて貞享5年（1688）に楼門が建てられ、現在ではこれらの社殿と御神体を納める御厨子６基、社殿の棟札６枚と共に国の重要文化財に指定をされている。

また、昭和48年より51年にかけて大修復工事を行い、往時の絢爛豪華な姿に甦ることになる。